- Sekretariát děkana#sekretariat-dekana
 - 
	
odpovědná osoba: prof. MUDr. Jozef Rosina, Ph.D, MBA, děkan fakulty
Sekretariát děkana Fakulty biomedicínského inženýrství vykonává tyto činnosti:
- provádí organizační a administrativní práce související s výkonem funkce děkana,
 - zprostředkovává styk děkana se zaměstnanci a organizacemi rektorátu,
 - eviduje úkoly, sleduje jejich plnění a informuje o nich děkana nebo tajemníka a určené zaměstnance,
 - připravuje a svolává porady, vyhotovuje z nich zápisy a vypisuje úkoly,
 - organizuje návštěvy,
 - přejímá, předává, ukládá a eviduje vnitřní předpisy přidělené děkanovi nebo tajemníkovi, respektive vydávané děkanem nebo tajemníkem,
 - eviduje a koordinuje požadavky na používání zasedací místnosti děkanátu,
 - eviduje a koordinuje požadavky na používání razítek na celé FBMI,
 - přejímá, eviduje a předává korespondenci přidělenou děkanovi,
 - provádí aktualizaci složení fakultních komisí, poradních orgánů děkana a VR FBMI.
 - 
		
Lidé na oddělení:
 
Jméno a příjmení Tereza Trousilová DiS.  - Studijní oddělení#studijni-oddeleni
 - 
	
odpovědná osoba: doc. Mgr. Zdeněk Hon, Ph.D., proděkan pro studium a pedagogickou činnost
Informace jsou k dispozici zde.
 - Ekonomické oddělení#ekonomicke-oddeleni
 - 
	
odpovědná osoba: Ing. Jaroslav Pluhař, CSc., tajemník fakulty
Lidé na oddělení:
Jméno a příjmení Činnost Hana Pečená Vedoucí oddělení Soňa Stehlíková DiS. Evidence závazků - zahraniční faktury
Evidence pohledávek
Výplata stipendií
Bezhotovostní platby za přijímací řízení
Aktualizace číselníku organizací v iFISSlužební cesty
Bc. Jitka Čermáková Evidence majetku (zařazení, vyřazení, přesuny, inventarizace) 
Evidence závazků (dodavatelské faktury tuzemsko, vnitropodniková fakturace mezi ostatními součástmi ČVUT)Pavlína Slanařová Pokladna - výdej a příjem plateb v hotovosti (studenti i zaměstnanci)
Vystavování záloh na služební cesty.
Podatelna
 - Projektové oddělení#projektove-oddeleni
 - 
	
odpovědná osoba: doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D., proděkan pro rozvoj a vnější vztahy
Projektové oddělení zajišťuje informační, administrativní a koordinační podporu pro předkladatele a řešitele grantů FBMI. Oddělení poskytuje podporu při přípravě žádosti o finanční podporu i následně během realizace získaného grantu.
Lidé na oddělení:
Jméno a příjmení Činnost Ing. Roman Potůček Vedoucí oddělení Mgr. Mikšovská Hana Bc. Kateřina Černá Lucie Zmeškalová Mgr. Lukáš Petrů Bc. Šárka Vitnerová(na mateřské dovolené) - Referát pro rozvoj a vnější vztahy#referat-rozvoj-vnejsi-vztahy
 - 
	
odpovědná osoba: doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D., proděkan pro rozvoj a vnější vztahy
Rozvoj FBMI je průběžně realizován zejména v oblasti vylepšováním studijního a pracovního prostředí a postupným vybavováním, modernizací a budováním nových specializovaných pracovišť. Tato činnost je často podporována prostřednictvím dotačních, rozvojových a vědecko-výzkumných grantů. V oblasti vnějších vztahů je FBMI orientována hlavně na spolupráci s partnery veřejného i soukromého sektoru, a to pro oblast vědecké spolupráce, praxí studentů FBMI, výzkum a transfer technologií.
Lidé na oddělení:
Jméno a příjmení Činnost doc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. Proděkan Ing. Roman Potůček Vedoucí oddělení Bc. Kateřina Černá Bc. Šárka Vitnerová(na mateřské dovolené) - Referát pro zahraniční styky#referat-zahranicni-styky
 - 
	
odpovědná osoba: prof. Ing. Karel Roubík, Ph.D., proděkan pro zahraniční styky a PR
Informace jsou k dispozici zde.
 - Referát pro vědeckou a výzkumnou činnost#referat-vedecko-vyzkumna-cinnost
 - 
	
odpovědná osoba: prof. Dr.-Ing. Jan Vrba, MSc., proděkan pro vědu, výzkum a doktorské studium
Výzkumná činnost FBMI je dlouhodobě zaměřena na inovační potenciál, multioborový výzkum, spolupráci s tuzemskými i zahraničními specializovanými pracovišti v teoretickém výzkumu i aplikovaném a experimentálním vývoji. I v této oblasti je FBMI úspěšným řešitelem grantů.
Lidé na oddělení:
Jméno a příjmení Činnost prof. Dr.-Ing. Jan Vrba, MSc. Proděkan Ing. Roman Potůček Vedoucí oddělení Mgr. Mikšovská Hana Bc. Kateřina Černá Lucie Zmeškalová Mgr. Lukáš Petrů  - Referát personální a mzdový#referat-personalni-mzdovy
 - 
	
odpovědná osoba: Ing. Jaroslav Pluhař, CSc., tajemník fakulty
Lidé na oddělení:
Jméno a příjmení Renata Horňáková  - Referát výpočetní techniky a síťových služeb#referat-vypocetni-techniky-sitovych-sluzeb
 - 
	
odpovědná osoba: Ing. Jaroslav Pluhař, CSc., tajemník fakulty
Referát zajišťuje provoz fakultních služeb a síťové infrastruktury. Zároveň spravuje servery, vybrané učebny, tiskárny a koncové stanice zaměstnanců. A v neposlední řadě slouží jako ICT podpora pro studenty a zaměstnance.
Lidé na oddělení:
Jméno a příjmení Činnost Pavel Kupka Provoz služeb a síťové infrastruktury 
Správa serverů, učeben, tiskáren a koncových stanic
ICT podporaZdeněk Kubec Správa učeben, tiskáren a koncových stanic 
ICT podpora - Referát pro doktorské studium#referat-doktorske-studium
 - 
	
odpovědná osoba: prof. Dr.-Ing. Jan Vrba, MSc., proděkan pro vědeckou činnost a doktorské studium
Informace jsou k dispozici zde.
 - Referát propagace#referat-propagace
 - odpovědná osoba: prof. Ing. Karel Roubík, Ph.D., proděkan pro zahraniční styky a PR
 - Informace jsou k dispozici zde.