Individuální studijní plán obsahově i časově vymezuje studijní blok, který je rozvržen maximálně na 4 semestry u prezenční formy studia nebo maximálně na 6 semestrů u kombinované formy studia. Součástí studijního bloku je povinnost absolvování souboru 4–6 jednosemestrálních odborných předmětů (doporučený rozsah je 5 předmětů) a jazyková příprava, prokázaná zkouškou z angličtiny nebo uznávaným certifikátem jazykové způsobilosti.
V programu Biomedicínské inženýrství musí student povinně absolvovat předmět Metodologie výzkumu v biomedicínském inženýrství a předmět Experimentální metody biomedicínského inženýrství. Další studijní předměty si student volí ze seznamu doktorských povinně volitelných předmětů pro program Biomedicínské inženýrství s ohledem na téma disertační práce, charakter dosavadního vzdělání studenta a modul zvolený ze sedmi nabízených modulů, které pokrývají základní oblasti biomedicínského inženýrství. Výčet modulů je uveden níže. Seznam předmětů je k dispozici v části Předměty. Dva zapsané předměty musí být voleny ze skupiny předmětů doporučených pro příslušný vybraný modul zapsaný v individuálním studijním plánu. V každé oblasti je jeden předmět označený jako úvodní. Tento předmět je doporučen zejména pro studenty bez předchozí podstatné zkušenosti s příslušnou oblastí biomedicínského inženýrství. Do ukončení druhého semestru studia musí student složit zkoušku alespoň ze dvou odborných studijních předmětů.
Se souhlasem školitele a oborové rady je možné zařadit též předměty z nabídky jiných doktorských předmětů na vysokých školách v ČR nebo v zahraničí. Do souboru odborných předmětů je možno výjimečně zařadit také maximálně dva předměty ze studia v magisterském studijním programu, pokud doktorand prokazuje podstatnější neznalosti v oboru, v němž je tento předmět uskutečňován, a doktorand ho ve studiu v magisterském studijním programu neabsolvoval. Studijní předměty se musí lišit od předmětů, které student studoval v rámci svého bakalářského nebo magisterského studia.
Alespoň jeden povinně volitelný předmět musí obsahovat laboratorní (experimentální) část zaměřenou zpravidla na samostatnou práci studenta s biomedicínskou přístrojovou technikou. Rozsah experimentální části je typicky dva 4hodinové bloky. Student bude v těchto blocích samostatně řešit úlohy zaměřené na experimentální sběr dat a jejich vyhodnocení. Cílem laboratorních bloků je prohloubení praktických dovedností studentů při práci s moderním přístrojovým vybavením včetně zpracování a prezentace výstupů z měření, zejména s ohledem na studenty s jiným než technickým magisterským vzděláním.
V prezenční formě studia probíhá výuka standardně v kontaktní podobě. V případě, že počet studentů zapsaných v daném předmětu je menší než pět, může výuka probíhat v podobě řízeného samostudia s pravidelnými konzultacemi. V kombinované formě probíhá výuka standardně v podobě řízeného samostudia s pravidelnými konzultacemi, nebo po domluvě s garantem předmětu, v kontaktní podobě. Předměty jsou zakončeny ústní zkouškou, které předchází písemná příprava. V případě řízeného samostudia je kromě zkoušky navíc požadováno vypracování písemné studie studentem na zadané téma. V případě zahraničních vyučujících proběhne výuka v podobě týdenního bloku intenzivní kontaktní výuky při počtu studentů alespoň pět. Je-li počet studentů menší než pět, proběhne výuka v podobě řízeného samostudia s konzultacemi s využitím služby VoIP (např. Skype) a kontaktního 1–2denního semináře. Kontaktní seminář proběhne podle domluvy na FBMI nebo na domovském pracovišti zahraničního přednášejícího.
Jazyková příprava je zaměřena zejména na odbornou komunikaci v angličtině a je prokázána složením zkoušky z anglického jazyka či předložením certifikátu jazykové způsobilosti úrovně C1, uznatelného v souladu s Řádem doktorského studia na FBMI ČVUT. Zkoušku z anglického jazyka může student nahradit sepsáním písemné studie k rozpravě o disertační práci a rozpravou nad ní v anglickém jazyce.
Výňatek ze SZŘ pro studenty ČVUT v Praze (dle Nařízení vlády č. 274/2016 Sb.):
Čl. 26, odst. 8 Součástí povinností studenta v doktorském studijním programu je absolvování studia na zahraniční instituci v délce nejméně jednoho měsíce nebo jiné formy přímé účasti studenta na mezinárodní spolupráci, zejména účast na mezinárodním tvůrčím projektu s výsledky publikovanými nebo prezentovanými v zahraničí. Studium na zahraniční instituci lze pro splnění této povinnosti uznat i tehdy, když předcházelo zápisu do doktorského studijního programu.
7 hlavních modulů biomedicínského inženýrství
A. Biotechnologie, biomateriály a nanotechnologie, tkáňové inženýrství, biosenzory
B. Biomechanika, rehabilitační inženýrství, protézy a umělé orgány
C. Klinické inženýrství
D. Lékařské přístroje a systémy
E. Systémová fyziologie, modelování, simulace, neuroinženýrství
F. Zobrazovací systémy v lékařství
G. Zpracování a analýza biosignálů